По свидетельству архивных документов первая школа в Оймяконье открылась в населенном пункте Кириэс-Томтор 1 декабря 1904г. Она называлась школой грамоты, учителем был священник С.Н. Верещагин. В числе его учеников были Егоров С.Н., Слепцов И.С., которые впоследствии стали первыми просветителями Оймяконского края.
Через несколько лет школа переименована в Оймяконскую церковноприходскую школу.

1919 год - школа переименована в советскую и в ней училось 12 учеников.
1927 год - впервые открыт пансионат (интернат).
1930 год - школа называется центральной пятилетней советской школой.
1933-34 гг. - создана пионерская организация.
1935 год - в связи с переносом районного центра, школа была преобразована в четырехклассную начальную школу.
1940 год - открыта школьная библиотека.
1966 год - школа ролучает статус восьмилетней школы.
1969 год - в Томторе открывается новая средняя школа.
1973 год - создан летний трудовой лагерь.
1984 год - открывается ДЮСШ.
1992 год - создан школьный музей по литературному краеведению.
2000 год - открываются прогимназические классы.
2001 год - начинает работу летняя физико-математическая школа.
2002 год - открыт компьютерный центр.
2003-04 гг - апробация профильного обучения.
2004 год - начало работы медиатеки.
2006 год - школа получает статус республиканской экспериментальной площадки.
2006-07 гг - начало I этапа сетевого обучения.
2007 год - школа победитель ПНП "Образование" (грант 1 млн. рублей)